محورهای پژوهشی حائز اولویت کمیسیون از این قرار است:

۱٫ انقلاب اسلامی و مسئله حکمرانی و سیاست‌گذاری

• بررسی و نقد نظریه‌ها و رویکردهای حکمرانی در غرب
• مبانی و اصول حکمرانی اسلامی در نظام جمهوری اسلامی ایران
• آسیب‌شناسی عملکرد نهادهای متولی حکمرانی در نظام جمهوری اسلامی
• ساختار و الگوی حکمرانی اسلامی مبتنی بر اندیشه امامین انقلاب
• شاخص‌های حکمرانان و کارگزاران از منظر حکمرانی اسلامی
• نظریه‌ها، مدل‌ها و تجربه‌های حکمرانی در کشورهای اسلامی
• نفوذ و تهدیدات نوین علیه حکمرانی در نظام جمهوری اسلامی ایران
• سیر تطورات حکمرانی و سیاست‌گذاری عمومی در ایران

۲٫ الگوی روابط نظام‌های اجتماعی حکمرانی اسلامی

• غایات و اهداف کلان نظام‌های اجتماعی اسلامی در پرتو حکمرانی اسلامی
• روابط نظام‌های اجتماعی در پرتو حکمرانی اسلامی

۳٫ الگوی حکمرانی اسلامی در نظام‌های اجتماعی (حکمرانی اسلامی و نظام‌های اجتماعی)

• حکمرانی اسلامی در نظام فرهنگ
• حکمرانی اسلامی در نظام اقتصاد و سلامت
• حکمرانی اسلامی در نظام تعلیم و تربیت
• حکمرانی اسلامی در نظام دفاعی و امنیت
• حکمرانی اسلامی در نظام اداری و مدیریت
• حکمرانی اسلامی در نظام علم و فناوری
• حکمرانی اسلامی در نظام خانواده
• حکمرانی اسلامی در نظام حقوقی و قضایی
• حکمرانی نظام سلامت

۴٫ ابزارها و روش‌های حکمرانی اسلامی

• ابزارها و روش‌های سیاسی حکمرانی اسلامی
• ابزارها و روش‌های مدیریتی حکمرانی اسلامی
• ابزارها و روش‌های حقوقی حکمرانی اسلامی
• ابزارها و روش‌های فرهنگی حکمرانی اسلامی

۵٫ سیاست‌گذاری عمومی

• سیاست‌گذاری علم، فناوری و نوآوری
• سیاست‌گذاری نظام تقنینی کشور
• سیاست‌گذاری حوزه خانواده
• سیاست‌گذاری تحقق عدالت اجتماعی