به گزارش دبیرخانه دائمی کنگره بین‌المللی علوم انسانی اسلامی، کمیسیون فلسفه و روش شناسی علوم انسانی اسلامی، محورهای موضوعی این کمیسیون در پنجمین کنگره را به تصویب رساند. این محورها از این قرار است:

1. معیارهای اسلامیت علوم انسانی
2. چیستی«موضوعِ» علوم انسانی اسلامی
3. ضرورت و فوائد علوم انسانی اسلامی
4. روش نظریه‌پردازی در علوم انسانی اسلامی
5. ماهیت مفاهیم و گزاره‌های علوم انسانی اسلامی
6. رویکردهای مختلف علوم انسانی اسلامی
7. مناسبات علوم انسانی اسلامی و علوم انسانی متعارف
8. مناسبات ارزش و واقعیت در قلمرو علوم انسانی اسلامی
9. مناسبات نظریه پرداز و نظریه در قلمرو علوم انسانی اسلامی
10. توانائی‌های شناختی انسان در چارچوب مبانی اسلامی
11. نقش نقل، عقل ، شهود و تجربه برای نظریه پردازی در قلمرو علوم انسانی اسلامی
12. مبانی قرآنی علوم انسانی اسلامی
13. دانش منطق و روش نظریه‌پردازی در علوم انسانی اسلامی
14. مناسبات فلسفه و عرفان اسلامی با علوم انسانی اسلامی
15. اصول فقه و روش نظریه‌پردازی علوم انسانی اسلامی
16. مناسبات فقه و اخلاق با علوم انسانی اسلامی
17. تجربه زیست مسلمانی و علوم انسانی اسلامی
18. هستی فرد و جامعه در چارچوب مبانی اسلامی
19. روش نظریه‌پردازی در علوم انسانی اسلامی
20. غایات علوم انسانی اسلامی
21. علوم انسانی اسلامی و تربیت فردی
22. علوم انسانی اسلامی و پیشرفت
23. ماهیت و فرایند عمل انسانی در چارچوب مبانی اسلامی
24. علیت در فرایند شکل‌گیری عمل انسانی در چارچوب مبانی اسلامی
25. علت و دلیل عمل انسانی در چارچوب مبانی اسلامی
26. تبیین نظریه فطرت ومنزلت آن در علوم انسانی اسلامی
27. مناسبات عمل و باورها در چارچوب مبانی اسلامی
28. مناسبات علم و عمل انسانی در چارچوب مبانی اسلامی
29. واقعیت اختیار در چارچوب مبانی اسلامی
30. اراده و عمل انسانی در چارچوب مبانی اسلامی
31. مناسبات خیال و عمل انسانی در چارچوب مبانی اسلامی
32. نقش امیال در فرایند شکل‌گیری عمل انسانی در چارچوب مبانی اسلامی
33. ماهیت و منزلت تصمیم در چارچوب مبانی اسلامی
34. ماهیت و منزلت اعتباریات در علوم انسانی اسلامی
35. توحید افعالی و عمل انسانی
36. ربوبیت الهی و عمل انسانی
37. میزان عقلانیت عمل انسانی در چارچوب مبانی اسلامی
38. عوامل غیر عقلانی عمل انسانی در چارچوب مبانی اسلامی
39. ماهیت و منزلت «شاکله» در نظریه پردازی در علوم انسانی اسلامی
40. تمدن اسلامی و علوم انسانی اسلامی
41. تاریخ اسلام و مسلمانان و علوم انسانی اسلامی