به گزارش کمیته‌ی خبری کنگره بین‌المللی علوم انسانی اسلامی، کمیسیون‌های نه‌گانه‌ی این کنگره با معرفی اعضای هیات علمی خود، فعالیت‌های علمی تحقیقاتی خود را آغاز کردند. اسامی این کمیسیون‌ها از این قرار است:
۱٫ نقد علوم انسانی متداول
۲٫ فلسفه و روش شناسی علوم انسانی اسلامی
۳٫ نظریه های ممتاز در علوم انسانی اسلامی
۴٫ طبقه بندی علوم انسانی اسلامی
۵٫ کاربردی سازی علوم انسانی اسلامی
۶٫ ارزیابی و آسیب شناسی علوم انسانی اسلامی
۷٫ الگوی دانشگاه علوم انسانی اسلامی مطلوب
۸٫ علوم انسانی اسلامی و پیشرفت جوامع اسلامی
۹٫ رویکردهای رایج به علوم انسانی اسلامی در جهان اسلام
لازم به ذکر استدر هر کدام از کمیسیون‌های فوق چند مرکز علمی همکار، عضویت دارند.