محورهای پژوهشی حائز اولویت کمیسیون از این قرار است:

محور اول – نظریه‌پردازی در تعلیم و تربیت اسلامی:

• انواع نظریه‌های تعلیم و تربیت اسلامی (به تفکیک سن، دوره تحصیلی و جنس)
• تبیین تعلیم و تربیت اسلامی از منظر عارفان، فیلسوفان، حکیمان، دانشمندان اسلامی و ادیبان
• نظریه‌پردازی در عرصه تعلیم و تربیت در جهان اسلام و جمهوری اسلامی ایران
• نظریه‌پردازی در برنامه‌ریزی آموزشی و درسی با رویکرد اسلامی
• مفاهیم تربیتی قرآن و ظرفیت آنها در نظریه‌پردازی تربیتی
• نقد نظریه‌های موجود تربیتی از منظر تعلیم و تربیت اسلامی
• مطالعه تطبیقی آرمان‌های تربیت در نظریه‌های تربیتی معاصر و دیدگاه تعلیم و تربیت اسلامی

محور دوم – سیاست‌گذاری تربیتی متکی بر تعالیم اسلام:

• مبانی فکری و فلسفی و الزامات سیاست‌گذاری تربیتی از منظر اسلامی
• الگوی مطلوب سیاست‌گذاری تربیتی اسلامی- ایرانی
• مطالعات تطبیقی- تاریخی سیاست‌گذاری تربیتی در کشورهای اسلامی
• تطبیق حوزه نظر و عمل در بستر تربیت اسلامی
• فضای مجازی: فرصت‌ها و تهدیدها در بستر تربیت اسلامی
• آسیب‌شناسی سیاست‌گذاری تربیتی در آموزش عمومی و آموزش عالی

محور سوم – اسناد بالادستی و دیدگاه‌های تربیتی:

• حیات طیبه در منظومه فکری سند تحول بنیادین آموزش و پرورش
• نقشه جامع علمی کشور و دیدگاه‌های تربیتی در آموزش عمومی و آموزش عالی
• رهیافتی به جهت‌گیری و نظام معنایی تربیت اسلامی در سند تحول بنیادین و مقایسه آن با سند ۲۰۳۰
• تبیین نسبت فطرت (مفهوم کانونی سند تحول بنیادین) و تربیت از منظر اندیشه اسلامی
• ساحت‌های تربیت اسلامی و دلالت‌های تربیتی آنها در عمل تربیت
• نقش حاکمیت، خانواده و رسانه و نهادهای غیر دولتی در تربیت اسلامی